O material didático utilizado pelo Colégio IPE é o Sistema Mackenzie de Ensino, que tem em sua proposta pedagógica o objetivo maior de que a formação escolar e acadêmica propicie aos alunos a relaciona-se com Deus, com o próximo e com o mundo de forma que o saber acadêmico lhe dê condições de entenderem sua relação com o mundo físico e social, a partir de seu relacionamento com Deus.